به استناد ماده 46 آیین نامه اجرایی ماده 17 قانون حمایت از حقوق پدید آورندگان نرم افزارهای رایانه ای هر نظام استانی دارای یک شورای انتظامی متشکل از 3 تا 5 نفر به معرفی هیئت مدیره که یک نفر از آنها حقوقدان می باشد خواهد بود که همگی با حکم رئیس شورای مرکزی نظام برای مدت سه سال منصوب شده و انتصاب مجدد آنان بلامانع خواهد بود که رسیدگی به شکایات اشخاص حقیقی و حقوقی در خصوص تخلفات حرفه ای، انضباطی و انتظامی اعضاء به عهده شورای یاد شده می باشد.
بر اساس مواد50،51 و 52 آیین نامه مذکور چگونگی رسیدگی به تخلفات و تعیین مجازات های انضباطی و موارد قابل تجدیدنظر در شورای انتظامی نظام مشخص شده است. هم اکنون این شورا در 15 استان کشور تشکیل گردیده و حکم اعضاء آن به امضاء رئیس سازمان رسیده است. بر اساس آمار اعلام شده از سوی شورای انتظامی استان ها تا 30 آذر ماه سال 1389، در حال حاضر بیشتر جهت گیری این شوراها حل اختلاف و هدایت طرفین به مصالحه می باشد اما در مواردی نیز که منجر به صدور رای شده است، این آراء صادره لازم الاجرا بوده و با رایزنی های در دست انجام با نیروی انتظامی و قوه قضاییه، اجرای این احکام نیز تحقق یافته است.

یکی از پیش نیازهای صدور حکم توسط شورای انتظامی هر استان، وجود شورای انتظامی تجدید نظر در آن استان می باشد. بر اساس ماده 55 آیین نامه اجرایی ماده 17 قانون حمایت از حقوق پدید آورندگان نرم افزارهای رایانه ای، هر نظام استانی دارای یک شورای انتظامی تجدیدنظر می باشد که متشکل از پنج نفر مرکب از یک نفر حقوقدان با 10 سال سابقه به انتخاب استاندار، یک نفر به انتخاب سازمان مدیریت و برنامه ریزی استان، یک نفر از اعضای هیئت مدیره و دو نفر به انتخاب شورای مرکزی نظام می باشد که با حکم شورای مرکزی نظام برای مدت سه سال منصوب می گردند. کلیه درخواست های تجدید نظر خواهی در این شورا بررسی می شوند.

بر اساس ماده 56 آیین نامه اجرایی ماده 17 قانون حمایت از حقوق پدیدآورندگان نرم افزارهای رایانه ای شورای انتظامی کل نظام، مرجع تجدیدنظر آرای صادر شده مبنی بر محکومیت از درجه پنج شورای انتظامی استانها است. این شورا دارای پنج عضو می باشد که برای مدت سه سال منصوب و انتخاب مجدد آنها بلامانع است. اعضا شورای انتظامی کل متشکل از یک نفر حقوقدان با 15 سال سابقه کار به معرفی وزیر دادگستری، دو نفر حقوقدان و کارشناس رسمی دادگستری به انتخاب شورای عالی انفورماتیک و دو نفر نمایندگان شورای مرکزی می باشند.